Церковь иконы Божией Матери «Знамение» в Аксиньино, расположена на территории несохранившейся до нашего времени подмосковной усадьбы, известной более двух с половиной столетий как «село Знаменское, Аксиньино тож».
До начала XVIII века Аксиньино было деревней и в 1623 году находилось во владении рода черкесских князей Ахамашуковых, пришедших на службу к царю Иоанну Васильевичу после 1552 года. В 1623 году окольничему Василию Петровичу Ахамашукову-Черкасскому в Аксиньине принадлежал двор вотчинников с дворами деловых людей и крестьян.
Во второй половине XVII века Аксиньином владел воевода Григорий Федорович Бутурлин. После кончины Г. Ф. Бутурлина вотчина перешла к его брату Ивану Федоровичу, а в 1692 году передана в приданое Авдотье Ивановне Бутурлиной, выходившей замуж за князя Михаила Михайловича Голицына. В селе князь устроил свою усадьбу, где и скончался в 1730 году.
Возведение первой деревянной церкви в Аксиньине относится к 1708 году. Первым настоятелем Знаменской церкви стал священник Алексий Иванов.
В 1760-е годы Знаменский храм, простоявший без ремонта более 50 лет, был возобновлен.
При новом владельце графе Александре Петровиче Толстом, по сведениям 1776 года, в селе Аксиньине, имелась церковь во имя Знамения Пресвятой Богородицы «зданием деревянная, не ветхая, святыя иконы местные и в иконостасе все исправны, в алтаре святой престол непоколебим, антиминс новой, сосуды серебряные».
В 1782 году настоятель Знаменской церкви священник Сергий Ефимов обращался к архиепископу Московскому и Калужскому Платону (Левшину) с просьбой разрешить ремонт храма. Архиерейское благословение было получено, и в конце XVIII века стараниями графини Анны Александровны Толстой храм и колокольня были существенно перестроены.
В 1812 году Аксиньино с прилегающими селениями попадает в зону активных военных действий. В северо-западном пригороде Москвы неприятельские войска повсеместно учиняли разгром православных храмов. Были разграблены храмы в Космодемьянском, Ховрине, Кирееве. Аксиньинская церковь пострадала меньше других: настоятель и прихожане спрятали ценные ризничные вещи и антиминс, и уже 27 ноября 1812 года по благословению архиепископа Дмитровского Августина (Виноградского) состоялось освящение престола.
В 1840—1850-е годы усадьбой при селе Знаменском-Аксиньине Московского уезда владел генерал-лейтенант Алексей Петрович Толстой. Настоятелем церкви с 1815 года состоял выпускник Славяно-греко-латинской академии священник Василий (Лавров), прослуживший на одном приходе более 45 лет.
К 1866 году относится первая попытка причта и прихожан церкви Знамения возвести в своем селе новый каменный храм. В апреле 1866 года настоятель отец Сергий Никольский обратился к митрополиту Московскому и Коломенскому Филарету (Дроздову) с прошением, в котором, просил благословить постройку нового каменного храма.
По заказу храмоздателей был выполнен проект, который строительное отделение одобрило в мае 1866 года. Но в то время строительство каменной церкви не состоялось, что объясняли нехваткой средств. Вместо предполагавшейся постройки в 1869 году капитально отремонтировали старый деревянный храм.
В 1871 году в приходе Знаменской в Аксиньине церкви произошло важное событие: по благословению митрополита Иннокентия (Вениаминова) в усадьбе при сельце Головине была построена деревянная домовая церковь во имя Всемилостивого Спаса в незарегистрированной общине престарелых и больных женщин и девиц. Так было положено начало Казанскому Головинскому женскому общежитию, позже преобразованному в монастырь.
В 1860-е годы в Аксиньине открылось начальное училище.
Новый владелец усадьбы, фабрикант Сергей Григорьевич Молошников и благотворитель Митрофан Дмитриевич Щеглов (Торговый дом Петрова и Щеглова в Балашихе) в июне 1883 года обратились к митрополиту Московскому и Коломенскому Иоанникию (Рудневу) с прошением устроить на свои средства новый каменный храм с устроением еще одного придела с левой стороны храма. во имя Святых Апостолов Петра и Павла.
Придельную церковь предполагалось устроить в память почившего брата храмоздателя Петра Григорьевича Молошникова.
Проект новой церкви в Аксиньине был заказан известному московскому архитектору Александру Густавовичу Вейденбауму. Опытный зодчий, Вейденбаум с 1876 года работает в Москве, исполняя обязанности московского губернского архитектора. Знаменская церковь — единственный сохранившийся памятник, построенный по проекту Вейденбаума в Москве.
В своей пояснительной записке к проекту Вейденбаум пишет: «Новая церковь предполагается в стиле, подобном стилю греческой в Ямбурге, с тою только разницею, что при ней будет отдельная колокольня». В июне 1883 года проект был одобрен.
Интенсивные строительные работы велись более года, и в 1884 году новый храм был торжественно освящен при соборном архиерейском богослужении. Как и просили храмоздатели, Петропавловский придел стал усыпальницей для Петра Григорьевича Молошникова. Его брат, староста Знаменского храма С. Г. Молошников, после кончины в 1911 году похоронен около церкви.
Работы по внутреннему убранству вновь построенного храма продолжались до 1900 года. Известно, что иконостасы для церкви и придела выполнены в московской мастерской Я. Е. Епанешникова.
В 1884 году с разрешения Консистории старая деревянная Знаменская церковь была разобрана, а место ее престола отмечено маленькой часовней.
Церковь Знамения в Аксиньине возведена в русско-византийском стиле.
В 1893 году настоятелем храма был определен выпускник Московской Духовной Семинарии священник Петр Алексеевич Смирнов.
В первые годы советской власти в жизни аксиньинского прихода не было каких-либо знаменательных событий. Как и по всей России, весной 1922 года здесь имело место изъятие церковных ценностей.
В отличие от соседних церквей аксиньинский храм не был закрыт. Его служители, однако, не избежали репрессий.
В 1937 году по групповому делу были арестованы и после сфабрикованного следствия расстреляны в Бутове о. Амвросий (21.10.1937 г.) и о. Василий Лихарев (27.11.1937 г.).
С 1945 по 1953 год священниками в Знаменском храме служили о. Косма (до 1948 год) и о. Петр Семов с диаконом о. Гавриилом.
С марта 1953 года, когда из сталинского ГУЛАГа стали возвращаться узники-священнослужители, к Знаменской церкви в Аксиньине был определен о. Сергий Лебедев, выпускник Спасо-Вифанской Семинарии, проведший в лагерях 10 лет по 58 статье. Расстроенное здоровье о. Сергия побудило митрополита Крутицкого Николая (Ярушевича) открыть вторую священническую вакансию и назначить на нее выпускника Московской Семинарии отца Иоанна Мазова.
Церковный староста Георгий Александрович Орлов построил для жительства причта небольшой деревянный домик. В старом священническом доме, конфискованном местными властями после декрета 1918 года, помещались сельсовет, кинотеатр и изба-читальня (сгорел в 1961 году), в церковной сторожке проживала местная блаженная. Бездорожье, грязь, ветхие деревянные строения, трудная послевоенная жизнь, многочасовое хождение на требы в разные концы округи — все это вспоминает настоятель храма протоиерей о. Иоанн Мазов.
В хрущевскую «оттепель» Знаменскую церковь пытались закрыть постоянно повышающимися налогами (только за 1961 год налог повышали трижды).
Строительство нового района Химки-Ховрино и открытие станции метрополитена «Речной вокзал» изменило состав прихода Знаменской церкви. Храм переполнился верующими.
В 1950—1980-е годы настоятелями в нем служили известные протоиереи Валентин Парамонов, Михаил Орлов, Петр Раина. С сентября 1994 года указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия настоятелем назначен протоиерей Иоанн Мазов, возвратившийся таким образом к месту своего первоначального служения через 33 года.
В 1970—1980-е годы церковное здание было увеличено пристройкой левого придела и крестильного зала, возведена новая ограда, построен кирпичный церковно-причтовый дом.
Знаменский приход в настоящее время находится в центре церковной жизни: работает двухклассная воскресная школа, проводится катехизаторская и социальная работа, осуществляется шефство над детскими и взрослыми лечебными учреждениями, ведется благотворительная деятельность. Для многих жителей района наш храм является местом, где верующие имеют возможность помолиться, воспринять Святые Таинства и получить духовное окормление.